Auf verschiedenen Wegen werden die Berliner Gewässer verunreinigt und manche fallen bereits vor den Toren der Stadt an. Kohlekraftwerke setzen weiterhin giftige wie langlebige Quecksilberverbindungen über Luft und Wasser frei. Alle Berliner Wasserläufe und Seen sind wegen zu hoher Quecksilberbelastungen in schlechtem Zustand. Außerdem kommen infolge des Braunkohleabbaus in der Lausitz über die Spree übermäßige Mengen an Sulfat nach Berlin an. Weil die Klärwerke noch nicht gut genug reinigen, wird zu viel Ammonium und Phosphor eingeleitet. Dazu mengen sich eine unüberschaubare Zahl an synthetischen Mikroschadstoffen wie der Biozid-Austrag aus behandelten Baumaterialien und Bootsrümpfen, Pestizide, Arzneirückstände oder fluorierte Verbindungen. Über Straßenabwässer gelangen die Schwermetalle Kupfer und Zink sowie Mikroplastik in die Umwelt. Sie stammen insbesondere von dem Brems- und Reifenabrieb der Autos und LKWs und setzen sich als giftige Schlämme in den Gewässern ab. Doch damit nicht genug: In der Stadt werden innerhalb des S-Bahnringes WC-, Industrie- und Straßenabwasser im gleichen Kanal gesammelt und zum Klärwerk abgeleitet. Bei starkem Regen läuft die Kanalisation voll und das hoch verschmutzte Mischwasser wird dann in Spree, Landwehrkanal oder Panke eingeleitet, zum Schaden auch der Fische und weiterer Wasserorganismen. Die Grundwasserökosysteme sind mit Sulfat v.a aus dem Trümmerschutt des 2. Weltkrieges verunreinigt, aber beispielsweise auch mit Ammonium aus beispielsweise undichten Kanälen. Zunehmend problematisch stellen sich die Einträge von Mikroschadstoffen oder Wärme dar. Letzteres stammt aus der Geothermie und überhitzten versiegelten Flächen.